Свободный электрофорез
При Свободном электрофорезе сопротивление движению ионов за счет трения между ними и раствором минимально. Продвижение ионов происходит быстро. Близкие по структуре и заряду молекулы передвигаются совместно в виде полос с границами раздела, образованными веществами с несколько различающимися электрофоретическими подвижностями. В соответствии с этим данный метод электрофореза назван Методом подвижной границы. Примерами указанного метода являются Изоэлектрофокусирование и Изотахофорез, используемые для определения изоэлектрической точки органических молекул и комплексов, а также для проверки чистоты и гомогенности полученных препаратов. Возможно применение этих методов и для препаративной работы.
При электрофорезе с Использованием неподвижного носителя Разделяемые вещества движутся в виде отчетливых зон, которые затем легко обнаруживаются соответствующими аналитическими методами. Ввиду этого данный метод называют Зональным электрофорезом. В качестве носителя применяют хроматографическую бумагу, ацетат целлюлозы, тонкие слои окиси кремния или алюминия, крахмальные, агаровые и полиакриламидные гели. Носитель насыщают соответствующим буфером. Выбор носителя и буфера определяется целями эксперимента. Как правило, носители инертны, хотя и возможно использование носителей, специфически взаимодействующих с ионами, что создает дополнительные силы, замедляющие движение тех или иных молекул.